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[Memo2007]Joho04作業メモ(康,八杉）

OSインストール

  • CDが読み込まれ、インストーラが起動して Press F1 for help, or ENTER to bootと表示されたので、F1を押した。
  • HELP INDEX
    • 画面最下部に以下のように表示されているので Press F2 through F10 for details, or ENTER to boot: ENTERを押した。
  • Choose language
    • 「日本語」を選択
  • キーボード配置の選択
    • 「日本(106 キー)」を選択
  • ネットワークの設定
    • 「eth1: Intel Corporation 82541PI Gigabit Ethernet Controller」を選択
    • ネットワークの自動設定が失敗するらしいので、「ネットワークを手動で設定」を選択
    • IPアドレス
      • 133.30.109.103
    • ネットマスク
      • 255.255.255.0
    • ゲートウェイ
      • 133.30.109.254
    • ネームサーバアドレス
      • 133.30.109.30
    • ホスト名
      • joho04
    • ドメイン名
      • epa.scitec.kobe-u.ac.jp
  • ディスクのパーティショニング
    • パーティショニングの方法
      • 「ガイド　- ディスク全体を使う」を選択
    • パーティショニングするディスクの選択
      • SCSI3 (0,0,0) (sda) - 500.1 GB ATA HDS725050KLA360
    • パーティショニング機構
      • 「すべてのファイルを1つのパーティションに」を選択
    • 「パーティショニングの終了とディスクへの変更の書き込み」を選択
      • 次の画面で「はい」を選択
  • ユーザーとパスワードのセットアップ
    • rootのパスワードを設定
    • 新しいユーザの本名（フルネーム）を入力
    • あなたのアカウントのユーザ名とパスワードを設定
  • パッケージマネージャの設定
    • ネットワークミラーを使う
    • Debian アーカイブミラーの国
      • 「日本」を選択
    • Debian アーカイブミラー
      • ftp.jp.debian.org
    • HTTP プロキシの情報
      • 空のままにしておく。
  • popularity-contestの設定
    • Debian パッケージ利用調査に参加
  • ソフトウェアの選択
    • 「デスクトップ環境」、「標準システム」を選択
  • ハードディスクへのGRUBブートローダのインストールする。
  • インストールの完了
    • インストールメディアが除かれていることを確認
  • Failed to start the X server (your graphical interface). It is likely that it is not set up correctly. Would you like to view the X server output to diagnose the problem?
    • 「Yes」

  • X Window System Version 7.1.1 .

    Release Date: 12 May 2006  .
中略 .
(==) Log file: "/var/log/Xorg.0.log", Time: Sat Jun 30 02:45:18 2007 .
(==) Using config file: "/etc/X11/xorg.conf" .
(EE) No devices detected. .

    Fatal server error: . no screens found .

    • 「Ok」
  • Would you like to biew the detailed X serber output as well?
    • 「Yes」
  • X Window System Version 7.1.1 . Release Date: 12 May 2006 . 中略 .
    • 「Ok」
  • The X server is now disabled. Restart GDM when it is configured correctly.
    • 「Ok」
  • login完了
  • 終了するにはrootでloginしてshutdown -h nowを入力

IPアドレスの変更

  • rootでログインする
  • 「vi /etc/network/interfaces」を入力し, 編集する
    • addressを133.30.109.58に変更
      • 「x」カーソルの位置の文字を削除
      • 「i」カーソルの位置の左側に文字を入力
    • dns-search ahs.scitec.kobe-u.ac.jpに変更
    • 「ESC」コマンドモードへ移行
    • 「:wq」バッファの内容をファイルに保存し, vi を終了する
    • less /etc/network/interfacesを入力し, 変更内容を確認
    • デバイスの設定を再読み込み
      • 「ifdown eth1」
      • 「ifup eth1」
    • もう一度確認
    • 「vi /etc/hosts」を入力し, 編集する
      • 133.30.109.58とahs.scitec.kobe-u.ac.jpのところを変更
      • 「:wq」保存

Xの設定

  • 「vi /etc/apt/sources.list」
  • deb cdrom:の頭に#をつける
  • 「apt-get install read-edid mdetect」
    • 「apt-get install x-window-system-core mlterm twm」入力
    • Do you want to continue? 「Y」
    • 「dpkg-reconfigure -pmedium xserver-xorg」を実行すると, 再設定することができる
    • Configuring xserver-xorg
      • Video card's bus identifier:「OK」
      • Use kernel framebuffer device interface?「Yes」
      • Autodetect keyboard layout?「Yes」
      • XKB rule set to use: 「Ok」
      • Keyboard model :jp106
      • Attempt monitor autodetection?「Yes」
      • Video modes to be used by the X server: 1024*768を選択
    • 失敗したので確認
      • 「less /var/log/Xorg.0.log」を入力
        • 長いので「Shift+>」でいちばん下までいく
    • 「vi /etc/X11/xorg.conf」を入力し, 編集
      • Driver "ati"を"vesa"に変更
      • 「startx」を入力し, Xを起動

apt-get入門

  • 「apt-get」
    • 見切れたときは, "|"を使ってページャに渡すと読めるようになる.
      • 「apt-get | less」
    • 「man apt-get」マニュアルを見る.
    • 「apt-get update」(入手できるパッケージ一覧の更新)
    • 「apt-get upgrade」(インストール済のパッケージのアップグレード)
    • Do you want to dontinue?[Y/n]
      • 大文字になっているほう（Y）がデフォルトなので, Enterを押せばYesを選択する.
    • …しばし待つ.
    • 再起動する.
      • 「shuteown -r now」「reboot」どちらでも再起動する.
        • 教訓:「manを見る」しかし英語で表示される.
    • rootでログインする.

sudoの設定

  • 「apt-get install sudo」
  • sudo is already the newest version.
    • もうsudoはすでに最新版に更新されてインストールされているらしい.
  • 「apt cache show sudo」
  • 「apt-cache search firefox」
  • 表示されたものが長いので「apt-cache search firefox | less」
  • 「apt cache show mozilla firefox | less」
  • 「man apt-get」
    • 最下部のSEE ALSO(＝関連項目)のところにapt-関係のものが書いてある.
    • （）の中の数字は, マニュアルのsection番号とそれぞれに含まれるページの種類を示す.
    • 詳しくは「man man」でマニュアルのマニュアルを見るとよくわかる.
  • 「dpkg -l | grep sudo」
  • 「dpkg -l sudo」
  • ここからがsudoの設定の本番です. (Debian 徹底入門p.396)
    • rootでログイン

    • 「visudo」

      #User privilege specification 
root   ALL=(ALL) ALL

      と出るので 

      「arum   ALL=(ALL) ALL」

      を加える.

  • 「less /etc/sudoers」で確認する.
  • 「# exit」でログアウト
  • arumでログイン
    • 「apt-get update」をしてもできなかった.
  • 「sudo -s」
    • 「apt-get update」アップデートできました.
      • joho04~# rootの権限を与えられているとき
      • joho04~$

ユーザーの追加

  • rootでログインし、「adduser [ユーザー名]」
    • Enter new UNIX password: (パスワード設定)
    • Retype new UNIX password: (もう一回入力)
    • 個人情報を入力
      • Full Name []:
      • Room Number []:
      • Work Phone []:
      • Home Phone []:
      • Other []:
      • Is the information correct?「y」
    • visudoで「yasugi ALL=(ALL) ALL」を加える
    • 「less /etc/sudoers」で確認する

Ruby

  • www.gfd-dennou.org/からGFDnaviに入って参考にしながら進む
    • 「vi /etc/apt/sources.list」を入力し、以下を追記
      • 「deb ftp://www.gfd-dennou.org/library/cc-env/Linux/debian-dennou etch/」
      • 「deb-src ftp://www.gfd-dennou.org/library/cc-env/Linux/debian-dennou etch/」
    • 「gpg --keyserver subkeys.pgp.net --recv-keys AEE995F4」
    • 「gpg --armor --export AEE995F4 | apt-key add -」
    • 「apt-key list」で確認
    • 「apt-get update」 パッケージリスト完了
    • 「apt-get install ruby ruby1.8-dev irb rdoc libopenssl-ruby gphys」でインストールを行う
      • 続行しますか? 「Y」
  • RubyGemsのインストール
    • 「apt-get install rubygems」でパッケージをインストール
      • 「echo $SHELL」で確認　: /bin/bash
    • 一時的に設定する
      • 「export PATH=/var/lib/gems/1.8/bin:$PATH」
    • 各自ログインし、「vi /.bashrc」を入力・以下を追記
      • export PATH=/var/lib/gems/1.8/bin:$PATH

Railsのインストール

  • 「gem install rails --include-dependencies」でインストール
    • 「rails -v」で確認
  • MySQL 関連パッケージのインストール
    • 「apt-get install mysql-server」
      • 続行しますか?「y」
  • MySQL 初期設定
    • mysql管理者のパスワードを設定
      • 「mysql -u root -p」
      • mysql> set password for root@localhost=password(`password入力`);
      • mysql> select user from mysql.user;
        • 「mysql_secure_installation」で一つのrootを消す
          • Enter current password for root : 「パスワード入力」
          • Change the root password? 「n」
          • Remove anonymous users? 「Y」
          • Disallow root login remotely? 「y」
          • Reload test database and access to it?「n」
          • Reload privilege tables now? 「y」

GFDnavi

  • Gfdnavi最新版 gfdnavi-0.1.tar.gzをダウンロード
    • 「mkdir your_work_dir」
    • 「mv Desktop/gfdnavi-0.1.tar.gz your_work_dir/」
    • 「cd your_work_dir/」
    • 「tar zxfv gfdnavi-0.1.tar.gz」で解凍
    • 「rails gfdnavi-0.1」
      • 「source .bashrc」で設定を反映させる
        • overwrite ...[Ynaqd] :「n」
      • 「cd gfdnavi-0.1」
  • データベース初期化
    • 「mysql -u root -p」
      • Enter password : 入力する
    • mysql> create database gfdnavi_development;
    • mysql> create database gfdnavi_test;
    • mysql> create database gfdnavi_production;
    • mysqp> grant all on gfdnavi_development.* to `davis`@`localhost` identified by `hogehero`;
    • mysqp> grant all on gfdnavi_test.* to `davis`@`localhost` identified by `hogehero`;
    • mysqp> grant all on gfdnavi_production.* to `davis`@`localhost` identified by `hogehero`;
  • データベース設定ファイルを編集
    • 「cp config/database.yml.example config/database.yml」
    • 「cp config/gfdnavi.yml.example config/gfdnavi.yml」
    • 「vi conflg/database.yml」で編集
      • username: davis
      • password: hogehero
  • テスト用データベースの作成
    • 「rake db:migrate」でテーブルを作る
  • GFDnaviの起動
    • 「ruby script/server」
  • ブラウザでhttp://localhost:3000/

10/12

  • SPMODELに必要となる資源を準備
    • ISPACK
    • netcdf-3.6.2.tar.bz2
    • gt4f90io
  • 「mkdir work」
  • 「cd work/」
  • 「tar xfz netcdf-3.6.2.tar.bz2」で展開
  • 「less INSTALL」,「less README」で中身を読む
  • 「./configure --help |less」で説明を読み,「./configure」を実行する
  • 「./configure |less」の後,「/ortran」を入力するとortranを検索できる
  • 「make」
  • 「make check」
  • 「sudo make install」
  • 「cd..」
  • 「ls -l /usr/local/lib/libnetcdf*」
  • 「cd install_spmodel」
  • 「tar xfvz ispack.tar.gz」
  • 「cd ispack-0.71/」
  • 「vi mk
    • FC = ifortに書き換える
    • DIRS = ・・mpiがついてるものを全部消す
    • DESTDIR = /usr/local/lib
  • 「make」
  • 「sudo make static」
  • 「ls -l /usr/local/lib/libsip.a」
  • 「cd fepack/src」
  • 「cd src」
  • 「vi fepack.f」
    • 「143j」で143行下に行く
    • DD(I)=RDを上のCALLの位置にそろえる
  • 「make」
  • 「sudo make static」
  • 「cd ../」
  • 「ls」
  • 「tar xfz gt4f90io_current.tgz」
  • 「FC=ifort ; export FC」
  • 「./configure --with-netcdf=/usr/local/lib/libnetcdf.a」
  • 「make」
  • 「make test」
  • 「sudo make install」
  • 「ls -l /usr/local/gt4f90io/lib/libgt4f90io.a」
  • 「cd ..」
  • 「ls」
  • 「tar xfz spml.tar.gz」

spmodelのインストール(10/19)

  • SPMODELファイルを落としてきて, ホームディレクトリに移動
  • 作業ディレクトリを作る. 「mkdir work」
  • 落としてきたspml.tar.gzを作業ディレクトリに移動「mv spml.tar.gz work」
  • ファイルを解凍する. 「tar xfz spml.tar.gz」
  • spml ディレクトリに移動 「cd spml」

  • configure を実行する. 

    ./configure --with-netcdf=/usr/local/lib/libnetcdf.a \ 
--with-ispack=/usr/local/ispack/lib/libisp.a \ 
--with-gt4f90io=/usr/local/gt4f90io/lib/libgt4f90io.a」
    • 「\」は改行のコマンド
  • 「make」
  • 「sudo make install」
  • spmlディレクトリ内のdemoというディレクトリに移動する. 「cd ./demo」
  • その中の .f90 ファイルを実行してみる. たとえば, at_diff.f90 というプログラムをコンパイルしてみる. 「make at_diff.out」
  • at_diff.out というファイルが出てくるので,それを実行. 「./at_diff.out」
  • at_diff.f90の中身を見る. 「less at_diff.f90」
    • 「sudo apt-get nstall jless」
    • 「jless at_diff.f90」
    • 「export LC_ALL=eucJP」
    • 「jless at_diff.f90」
    • 「less /etc/locale.gen」
    • 「more at_diff.f90」
      • 拡散方程式のファイルらしいことが書かれていた.
  • 「which gave」
  • 「sudo apt-get install gave」
  • 「which gpview」
  • 「gpview at_diff.nc@zeta」
    • 謎の絵がでた.
  • 目盛りが荒いので「vi at_diff.f90」
    • integer, parameter :: im=128 . integer, parameter :: km=64 .
      • imとkmの数字を変更した.
  • コンパイルする. 「make at_diff.out」
  • ファイルを実行「./at_diff.out」
  • dennouのSPMODELのページのプログラム集からadvdiffをダウンロードする.
    • プログラム集→1 次元周期境界領域モデル : フーリエ展開 . →advection-diffusion/sample/f90/advdiff1.f90のURLをコピーする.
    • 「wget [URL]」
  • コンパイルを実行「spmfrt advdiff1.f90」
    • 「spmfrt」
    • spmfrtというプログラムはないと言われる.
  • spmfrtを検索
  • 「ls /usr/local/spmodel/bin」
  • 「vi ~/.bashrc」
    • 「~」はホームディレクトリの意味
    • 「./bashrc」
  • パスを追加「export PATH=/usr/local/spmodel/bin:/var/lib/gems/1.8/bin:$PATH」
    • 「export PATH=[付け加えたいパス]:[元々あったパス]:$PATH」
      • PATH:コマンドをうったときに, プログラムを探してくれるディレクトリのこと.
  • bashrcを読み込んで実行「source ~/.bashrc」
  • 「spmfrt advdiff1.f90」
  • 「./a.out」
    • 実行ファイルを名づけなければ, 勝手にa.outになっている.
  • 中身を見る.「ncdump advdiff1.nc|less」
  • 「gpview advdiff1.nc@zeta」
  • 「gpview advdiff1.nc@zeta --animate t」
  • プログラムの中身を見る. 「more advdiff1.f90」
    • 移流-拡散方程式が書かれていた.

spmodel サンプルを動かす(11/2)

  • arumのホームにあるディレクトりをyasugiにコピー
    • 「cp -r /home/arum/work .」
      • ディレクトリをコピーするときは「-r」をつける
  • /work/spml/demoに移動
  • プログラム集にあるサンプルを選択
    • サンプル1(重力流)
      • boussinesq/gravcurrent/f90/gravcurrent1.f90のURLをコピー
      • 「wget [URL]」
      • 「spmfrt gravcurrent1.f90」
      • 「./a.out」
      • 「ncdump gravcurrent1.nc | less」で中身を見る.
      • 「gpview gravcurrent1.nc@rho --animate t」
    • サンプル2(2次元回転球面上で非発散順圧流体の自由減衰乱流問題)
      • baro/free-decay/f90/baro_euler_freedecay.f90
      • 「vi baro_euler_freedecay.sh」で Omega, nstepなど変更
      • 「sh baro_euler_freedecay.sh」
      • 「gpview baro_euler_freedecay.nc@strfunc --animat --wsn 4」
    • サンプル3(べナール対流)
      • boussinesq/sample-tt/f90/bsncnv-et-tt-1.f90
      • 「gpview bsncnv_1_et.nc@temp --animate t」
      • 「gpview bsncnv_1_et.nc@zeta,t=0.025:0.5 --anim t」
      • 「gpview bsncnv_1_et.nc@psi,t=0.025:0.5 --anim t」

Emacs

  • dennouサーバにログインし, Emacsを起動.
    • 「$ emacs -q」
    • ファイル名を指定する場合「$ emacs hoge.txt」
  • 保存
    • C-x s(保存するか聞かれる)
    • C-x C-s(そのまま保存)
  • 終了
    • C-x c
Last modified:2008/04/22 13:53:48
Keyword(s):
References:[[Semi2007]実習資料]

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