SPMODELライブラリのインストール

1. インストールに必要な環境
Fortran 90 コンパイラ(インストール済)
NetCDF
gt4f90io ライブラリ
ISPACK ライブラリ
2. SPMODEL のインストール

>>make、configure、install、コンパイル？？？辞典

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1.インストールに必要な環境

1. netCDFのダウンロード、展開

●こちらから netcdf-3.6.1.tar.gzをクリックして「ディスクに保存」を選択、「OK」で保存する.

●ファイルを展開.下記のコマンドを実行.

$ tar xvfz netcdf-3.6.1.tar.gz

展開した先のディレクトリに移動しておく.

$ cd netcdf-3.6.1



2. FCコンパイラの指定

環境変数FC,CC,CPPFLAGS に使用するコンパイラのコマンドを指定する.

$ FC=g95 ; export FC

$ CC=gcc ; export CC

$ CPPFLAGS=-Df2cFortran ; export CPPFLAGS



3. インストール

●configure の実行.

ファイルを展開したときにできた src ディレクトリへ移動してから行う.

$ cd src

$ ./configure



→そのまま configure すると

configure : error : C compiler cannnot create executables
See 'config.log' for more details

と出て実行できなかったので、東川さんのitpass メーリングリストを参考に、下記のコマンドを実行してGNUのCコンパイラをインストールしました.




$ apt-get install gcc


その後もう一度 configure を実行.



$ ./configure --prefix=/home/yukai/


このときには、 prefix を指定して実行しました.(→「 prefix 」？)

すると、森川さんのメールのように


                 :
  config.status: creating macros.make
  config.status: creating config.h
  config.status: config.h is unchanged
  config.status: creating fortran/nfconfig.inc
  config.status: executing default commands

と表示されて完了.

●make check の実行

$ make check


を実行すると

  make[1]: ディレクトリ　'/home/yukai/lib/netcdf-3.6.1/src'から出ます。
　Not making 'cxx/test' because no C++ compiler


と表示されて終了.



●make install の実行

$ make install


を実行すると

  make[1]: ディレクトリ　'/home/yukai/lib/netcdf-3.6.1/src'から出ます。
　Not making 'cxx/install' because no C++ compiler

と表示されて終了.



●上のふたつのエラーを解決するために、以下の作業を行いました.

$ sudo apt-get install c++


その後、もう一度　$ make check をしても同じメッセージが出たので、



$ ./configure -- prefix=/home/yukai/

$ make check

$ make install


としたらエラーが出ずに、終了しました.

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gt4f90io のインストール

1. gt4f90io のダウンロード、展開

●こちらのページで、「必要なソフトウエア」の中から「gt4f90ioのTGZパッケージ」をクリックし、「ディスクに保存する」を選んで「OK」で保存する.

●下記のコマンドで、ソースを展開

$ tar xvzf gt4f90io_current.tgz

ソースは、gt4f90io-(バージョン)というディレクトリが作られて、そこに展開される.



2. Fortran コンパイラの設定

次のように実行して、環境変数FCに使用するFortranコンパイラを指定.

$ FC=g95 ; export FC




3. Config.mk の作成

●ソースが展開されたディレクトリに移動し、作成する.

$ cd /home/yukai/lib/gt4f90io-20080605

$ ./configure --with-netcdf =/home/yukai/lib/libnetcdf.a --prefix=/home/yukai



次のように表示されて終了する.

  Execute GNU make in the current directory, as fallows.
    make




●less コマンドなどで Config.mk を開き

   prefix= /home/yukai

になっていることを確認.



4. ソースコードのコンパイル

●下記のコマンドでコンパイル

$ make




次のように表示されて終了する.

  make[1] : ディレクトリ'/home/yukai/lib/gt4f90io-20080605/src'から出ます

5. インストール

●gt4f90io-20080605のディレクトリにいる状態で次のコマンドを実行

$ make install




下記のように表示されて終了する.

  make[1] : ディレクトリ　'/home/yukai/lib/gt4f90io-20080605/gt4frt'から出ます




次に、マニュアルとコードリファレンスをコンパイルするため、以下を実行する.

$ make install-doc





●確認

上記の作業が終了すると、/home/yukaiに

   COPYRIGHT           HISTORY          HISTORY.htm.en
   CREDITS             HISTORY.htm      INSTALL_netcdf
   CREDITS.htm        HISTORY.htm.en   INSTALL_netcdf.htm
   CREDITS.htm.en    INSTALL          INSTALL_netcdf.htm.en
   Changelog          INSTALL.htm

が作られる.



6. テストプログラムの実行

●gt4f90io-20080605のディレクトリにいる状態で次のコマンドを実行

$ make test installed




    *** Compilation and instlaation are succeeded!! ***

というメッセージが表示されればインストール完了.



7. gr4frt へのパスの設定
インストールが完了したら、「gr4frt」というシェルスクリプトが「--prefix=」で指定したディレクトリ以下のbinディレクトリにインストールされているはずである.
このディレクトリへのパスを通す.




$ PATH= $PATH :/home/yukai/bin ; export PATH




ためしに次のように実行してみると

$ gr4frt test.90

   /usr/bin/g95 -I/usr/local/gt4f90io/include -O test.f90 \
      -L/usr/local/gt4f90io/lib -lgt4f90io -L/usr/local/lib -lnetcdf

のように表示される.

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ISPACK のインストール

1. ISPACKのダウンロード、展開

●こちらから「ISPACKをtar.gzにしたファイル」をクリックし、「ディスクに保存する」を選択、「OK」で保存する.




●デスクトップに保存されたので、ファイルを /home/yukai/lib へコピー




●次のコマンドを実行すると、ispack-0.71 というディレクトリができ、そこへ展開される.

$ tar xvzf ispack.tar.gz




2. インストール

●Mkinclude ファイル内のマクロ定義を自分の環境に合わせて変更する.

具体的には以下の変更を行う

    DIRS に代入される変数から ****-mpiというものを削除
     ↑今回はMPI（並列計算用のプログラム）は使用しないため、mpi形式のファイルはコンパイルされなくて良い.

   -DESTDIR : /home/yukai/lib    ←静的または共有ライブラリの置き場所ディレクトリ
   -FC       : g95                   ←Fortran コンパイラ名

●make する

$ make ; make static




一回目、この作業を行った際、以下のように表示された.

   In file fepack.f :143
     DO(1) = RD
   Error : Non-numeric character in statement label at(1)


解決策→ispack_0.71/fepack.F/scr/ にある fepack.f をviで開き、次のように実行する.



:143

これで143行目にジャンプする.「DO(1)=RD」の前にTab文字が入ってしまっているので、消去して6文字分の空白を入れる.

※Fortran77 はプログラム本文の前に6つの空白が必要なのに、誤ってTab文字が入ってしまっていたために起きたエラーである.




3. 確認

「libisp.a」が /home/yukai/lib にできているか確認する.

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2.SPMODELライブラリのインストール

1. ファイルのダウンロードと展開

●こちらから「最新tar+gzipパッケージ」をクリック、「ディスクに保存」を選択し「OK」で保存.

●デスクトップに保存されるので、/home/yukai/lib へ移動させた後、以下のコマンドで展開する.

$ tar xvzf spml.tar.gz

今いるディレクトリ（/lib）に「spml」というディレクトリができる.



2. configure の実行

以下のコマンドを実行する

$ ./configure --with-ispack=/yukai/lib/libisp.a --with-netcdf=/yukai//lib/libnetcdf.a --with-gt4f90io=/yukai/lib/libgt4f90io.a --prefix=/yukai//lib/spmodel

インストールがうまくいくと、


  Execute GNU make in the current directory, as follows.
       make


と表示されるので以下の様に実行.

$ make




  make[1] : ディレクトリ　'/home/yukai/lib/spml/spmfrt'から出ます


と表示されて終了する.次に

$ make install


を実行すると、同じように表示がでて終了する.


/home/yukai/spmodel の中に bin、include、lib ディレクトリできているのを確認できたらインストール完了！


lib ディレクトリに libspml.a が
include ディレクトリにはモジュールが
bin ディレクトリには spmfrt がインストールされる.

3. spmfrt へのパスの設定

インストールが完了したら、コンパイル用のスクリプトである spmfrt というシェルスクリプトが 「--prefix=」で指定したディレクトリ以下の
bin ディレクトリにインストールされている.




このディレクトリへのパスを通す.




$ PATH=$PATH:/home/yukai/spmodel/bin ; export PATH





これで、コマンドとして spmfrt を使った際に、指定したデイレクトリ中から自動的にコンパイラ spmfrt を探し出して実行するようになる.



4. 動作確認

●spml ディレクトリ内の「demo」ディレクトリに移動.

※他のディレクトリにいる状態で実行しようとすると、次のようにエラーが生じるので注意.

例）「at_diff.f90」というファイルについて作業する場合

$ make at_diff.out

 
   make : ***ターゲット'diff.out'をmakeするルールがありません.中止.





●下記のコマンドにてコンパイル・実行

「at_diff.f90」というサンプルプログラムについて作業する場合.



$ make at_diff.out

$./a.out



次のように表示されて終了する.


   *** MESSAGE […] *** …
　　　・
　　　・　
　　it=0
    it=100
      ・
　　　・
　 *** MESSAGE […] *** "at_diff.nc"is closed.　

●GAVEでの描画

(1)プログラムを実行すると、demo ディレクトリの中に「at_diff.nc」というファイルができるので、



$ gave at_diff.nc


を実行すると、GAVEのウィンドウが開く.


(2)「draw」ボタンを押すと、別ウィンドウで画像が表示される.

●掃除

$ make clean


上記のコマンドで、インストールの際にコンパイルされたファイルを消去する.

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