IT pass HikiWiki - [Memo2007]Joho04作業メモ(康,八杉） Diff
- Added parts are displayed like this.
- Deleted parts are displayed
like this.
==OSインストール
*CDが読み込まれ、インストーラが起動して Press F1 for help, or ENTER to bootと表示されたので、F1を押した。
*HELP INDEX
*画面最下部に以下のように表示されているので
Press F2 through F10 for details, or ENTER to boot:
ENTERを押した。
*Choose language
*「日本語」を選択
*キーボード配置の選択
*「日本(106 キー)」を選択
*ネットワークの設定
*「eth1: Intel Corporation 82541PI Gigabit Ethernet Controller」を選択
*ネットワークの自動設定が失敗するらしいので、「ネットワークを手動で設定」を選択
*IPアドレス
*133.30.109.103
*ネットマスク
*255.255.255.0
*ゲートウェイ
*133.30.109.254
*ネームサーバアドレス
*133.30.109.30
*ホスト名
*joho04
*ドメイン名
*epa.scitec.kobe-u.ac.jp
*ディスクのパーティショニング
*パーティショニングの方法
*「ガイド - ディスク全体を使う」を選択
*パーティショニングするディスクの選択
*SCSI3 (0,0,0) (sda) - 500.1 GB ATA HDS725050KLA360
*パーティショニング機構
*「すべてのファイルを1つのパーティションに」を選択
*「パーティショニングの終了とディスクへの変更の書き込み」を選択
*次の画面で「はい」を選択
*ユーザーとパスワードのセットアップ
*rootのパスワードを設定
*新しいユーザの本名（フルネーム）を入力
*あなたのアカウントのユーザ名とパスワードを設定
*パッケージマネージャの設定
*ネットワークミラーを使う
*Debian アーカイブミラーの国
*「日本」を選択
*Debian アーカイブミラー
*ftp.jp.debian.org
*HTTP プロキシの情報
*空のままにしておく。
*popularity-contestの設定
*Debian パッケージ利用調査に参加
*ソフトウェアの選択
* 「デスクトップ環境」、「標準システム」を選択
*ハードディスクへのGRUBブートローダのインストールする。
*インストールの完了
*インストールメディアが除かれていることを確認
*Failed to start the X server (your graphical interface). It is likely that it is not set up correctly. Would you like to view the X server output to diagnose the problem?
*「Yes」
*X Window System Version 7.1.1 .
Release Date: 12 May 2006 .
中略 .
(==) Log file: "/var/log/Xorg.0.log", Time: Sat Jun 30 02:45:18 2007 .
(==) Using config file: "/etc/X11/xorg.conf" .
(EE) No devices detected. .
Fatal server error: .
no screens found .
*「Ok」
*Would you like to biew the detailed X serber output as well?
*「Yes」
*X Window System Version 7.1.1 .
Release Date: 12 May 2006 .
中略 .
*「Ok」
*The X server is now disabled. Restart GDM when it is configured correctly.
*「Ok」
*login完了
*終了するにはrootでloginしてshutdown -h nowを入力
==IPアドレスの変更
*rootでログインする
*「vi /etc/network/interfaces」を入力し, 編集する
*addressを133.30.109.58に変更
*「x」カーソルの位置の文字を削除
*「i」カーソルの位置の左側に文字を入力
*dns-search ahs.scitec.kobe-u.ac.jpに変更
*「ESC」コマンドモードへ移行
*「:wq」バッファの内容をファイルに保存し, vi を終了する
*less /etc/network/interfacesを入力し, 変更内容を確認
*デバイスの設定を再読み込み
*「ifdown eth1」
*「ifup eth1」
*もう一度確認
*「vi /etc/hosts」を入力し, 編集する
*133.30.109.58とahs.scitec.kobe-u.ac.jpのところを変更
*「:wq」保存
==Xの設定
*「vi /etc/apt/sources.list」
*deb cdrom:の頭に#をつける
*「apt-get install read-edid mdetect」
*「apt-get install x-window-system-core mlterm twm」入力
*Do you want to continue? 「Y」
*「dpkg-reconfigure -pmedium xserver-xorg」を実行すると, 再設定することができる
*Configuring xserver-xorg
*Video card's bus identifier:「OK」
*Use kernel framebuffer device interface?「Yes」
*Autodetect keyboard layout?「Yes」
*XKB rule set to use: 「Ok」
*Keyboard model :jp106
*Attempt monitor autodetection?「Yes」
*Video modes to be used by the X server: 1024*768を選択
*失敗したので確認
*「less /var/log/Xorg.0.log」を入力
*長いので「Shift+>」でいちばん下までいく
*「vi /etc/X11/xorg.conf」を入力し, 編集
*Driver "ati"を"vesa"に変更
*「startx」を入力し, Xを起動
==apt-get入門
*「apt-get」
*見切れたときは, "|"を使ってページャに渡すと読めるようになる.
*「apt-get | less」
*「man apt-get」マニュアルを見る.
*「apt-get update」(入手できるパッケージ一覧の更新)
*「apt-get upgrade」(インストール済のパッケージのアップグレード)
*Do you want to dontinue?[Y/n]
*大文字になっているほう（Y）がデフォルトなので, Enterを押せばYesを選択する.
*…しばし待つ.
*再起動する.
*「shuteown -r now」「reboot」どちらでも再起動する.
*教訓:「manを見る」しかし英語で表示される.
*rootでログインする.
==sudoの設定
*「apt-get install sudo」
*sudo is already the newest version.
*もうsudoはすでに最新版に更新されてインストールされているらしい.
*「apt cache show sudo」
*「apt-cache search firefox」
*表示されたものが長いので「apt-cache search firefox | less」
*「apt cache show mozilla firefox | less」
*「man apt-get」
*最下部のSEE ALSO(＝関連項目)のところにapt-関係のものが書いてある.
*（）の中の数字は, マニュアルのsection番号とそれぞれに含まれるページの種類を示す.
*詳しくは「man man」でマニュアルのマニュアルを見るとよくわかる.
*「dpkg -l | grep sudo」
*「dpkg -l sudo」
*ここからがsudoの設定の本番です. (Debian 徹底入門p.396)
*rootでログイン
*「visudo」
#User privilege specification
root ALL=(ALL) ALL
と出るので
「arum ALL=(ALL) ALL」
を加える.
*「less /etc/sudoers」で確認する.
*「# exit」でログアウト
*arumでログイン
*「apt-get update」をしてもできなかった.
*「sudo -s」
*「apt-get update」アップデートできました.
*joho04~# rootの権限を与えられているとき
*joho04~$
==ユーザーの追加
*rootでログインし、「adduser [ユーザー名]」
*Enter new UNIX password: (パスワード設定)
*Retype new UNIX password: (もう一回入力)
*個人情報を入力
*Full Name []:
*Room Number []:
*Work Phone []:
*Home Phone []:
*Other []:
*Is the information correct?「y」
*visudoで「yasugi ALL=(ALL) ALL」を加える
*「less /etc/sudoers」で確認する
==Ruby
*www.gfd-dennou.org/からGFDnaviに入って参考にしながら進む
*「vi /etc/apt/sources.list」を入力し、以下を追記
*「deb ftp://www.gfd-dennou.org/library/cc-env/Linux/debian-dennou etch/」
*「deb-src ftp://www.gfd-dennou.org/library/cc-env/Linux/debian-dennou etch/」
*「gpg --keyserver subkeys.pgp.net --recv-keys AEE995F4」
*「gpg --armor --export AEE995F4 | apt-key add -」
*「apt-key list」で確認
*「apt-get update」 パッケージリスト完了
*「apt-get install ruby ruby1.8-dev irb rdoc libopenssl-ruby gphys」でインストールを行う
*続行しますか? 「Y」
*RubyGemsのインストール
*「apt-get install rubygems」でパッケージをインストール
*「echo $SHELL」で確認 : /bin/bash
*一時的に設定する
*「export PATH=/var/lib/gems/1.8/bin:$PATH」
*各自ログインし、「vi /.bashrc」を入力・以下を追記
*export PATH=/var/lib/gems/1.8/bin:$PATH
==Railsのインストール
*「gem install rails --include-dependencies」でインストール
*「rails -v」で確認
*MySQL 関連パッケージのインストール
*「apt-get install mysql-server」
*続行しますか?「y」
*MySQL 初期設定
*mysql管理者のパスワードを設定
*「mysql -u root -p」
*mysql> set password for root@localhost=password(`password入力`);
*mysql> select user from mysql.user;
*「mysql_secure_installation」で一つのrootを消す
*Enter current password for root : 「パスワード入力」
*Change the root password? 「n」
*Remove anonymous users? 「Y」
*Disallow root login remotely? 「y」
*Reload test database and access to it?「n」
*Reload privilege tables now? 「y」
==GFDnavi
*Gfdnavi最新版 gfdnavi-0.1.tar.gzをダウンロード
*「mkdir your_work_dir」
*「mv Desktop/gfdnavi-0.1.tar.gz your_work_dir/」
*「cd your_work_dir/」
*「tar zxfv gfdnavi-0.1.tar.gz」で解凍
*「rails gfdnavi-0.1」
*「source .bashrc」で設定を反映させる
*overwrite ...[Ynaqd] :「n」
*「cd gfdnavi-0.1」
*データベース初期化
*「mysql -u root -p」
*Enter password : 入力する
*mysql> create database gfdnavi_development;
*mysql> create database gfdnavi_test;
*mysql> create database gfdnavi_production;
*mysqp> grant all on gfdnavi_development.* to `davis`@`localhost` identified by `hogehero`;
*mysqp> grant all on gfdnavi_test.* to `davis`@`localhost` identified by `hogehero`;
*mysqp> grant all on gfdnavi_production.* to `davis`@`localhost` identified by `hogehero`;
*データベース設定ファイルを編集
*「cp config/database.yml.example config/database.yml」
*「cp config/gfdnavi.yml.example config/gfdnavi.yml」
*「vi conflg/database.yml」で編集
*username: davis
*password: hogehero
*テスト用データベースの作成
*「rake db:migrate」でテーブルを作る
*GFDnaviの起動
*「ruby script/server」
*ブラウザでhttp://localhost:3000/
==10/12
*SPMODELに必要となる資源を準備
*ISPACK
*netcdf-3.6.2.tar.bz2
*gt4f90io
*「mkdir work」
*「cd work/」
*「tar xfz netcdf-3.6.2.tar.bz2」で展開
*「less INSTALL」,「less README」で中身を読む
*「./configure --help |less」で説明を読み,「./configure」を実行する
*「./configure |less」の後,「/ortran」を入力するとortranを検索できる
*「make」
*「make check」
*「sudo make install」
*「cd..」
*「ls -l /usr/local/lib/libnetcdf*」
*「cd install_spmodel」
*「tar xfvz ispack.tar.gz」
*「cd ispack-0.71/」
*「vi mk
*FC = ifortに書き換える
*DIRS = ・・mpiがついてるものを全部消す
*DESTDIR = /usr/local/lib
*「make」
*「sudo make static」
*「ls -l /usr/local/lib/libsip.a」
*「cd fepack/src」
*「cd src」
*「vi fepack.f」
*「143j」で143行下に行く
*DD(I)=RDを上のCALLの位置にそろえる
*「make」
*「sudo make static」
*「cd ../」
*「ls」
*「tar xfz gt4f90io_current.tgz」
*「FC=ifort ; export FC」
*「./configure --with-netcdf=/usr/local/lib/libnetcdf.a」
*「make」
*「make test」
*「sudo make install」
*「ls -l /usr/local/gt4f90io/lib/libgt4f90io.a」
*「cd ..」
*「ls」
*「tar xfz spml.tar.gz」
==spmodelのインストール(10/19)
*SPMODELファイルを落としてきて, ホームディレクトリに移動
*作業ディレクトリを作る. 「mkdir work」
*落としてきたspml.tar.gzを作業ディレクトリに移動「mv spml.tar.gz work」
*ファイルを解凍する. 「tar xfz spml.tar.gz」
*spml ディレクトリに移動 「cd spml」
*configure を実行する.
./configure --with-netcdf=/usr/local/lib/libnetcdf.a \
--with-ispack=/usr/local/ispack/lib/libisp.a \
--with-gt4f90io=/usr/local/gt4f90io/lib/libgt4f90io.a」
*「\」は改行のコマンド
*「make」
*「sudo make install」
*spmlディレクトリ内のdemoというディレクトリに移動する. 「cd ./demo」
*その中の .f90 ファイルを実行してみる.
たとえば, at_diff.f90 というプログラムをコンパイルしてみる. 「make at_diff.out」
*at_diff.out というファイルが出てくるので,それを実行. 「./at_diff.out」
*at_diff.f90の中身を見る. 「less at_diff.f90」
*「sudo apt-get nstall jless」
*「jless at_diff.f90」
*「export LC_ALL=eucJP」
*「jless at_diff.f90」
*「less /etc/locale.gen」
*「more at_diff.f90」
*拡散方程式のファイルらしいことが書かれていた.
*「which gave」
*「sudo apt-get install gave」
*「which gpview」
*「gpview at_diff.nc@zeta」
*謎の絵がでた.
*目盛りが荒いので「vi at_diff.f90」
*integer, parameter :: im=128 .
integer, parameter :: km=64 .
*imとkmの数字を変更した.
*コンパイルする. 「make at_diff.out」
*ファイルを実行「./at_diff.out」
*dennouのSPMODELのページのプログラム集からadvdiffをダウンロードする.
*プログラム集→1 次元周期境界領域モデル : フーリエ展開 .
→advection-diffusion/sample/f90/advdiff1.f90のURLをコピーする.
*「wget [URL]」
*コンパイルを実行「spmfrt advdiff1.f90」
*「spmfrt」
*spmfrtというプログラムはないと言われる.
*spmfrtを検索
*「ls /usr/local/spmodel/bin」
*「vi ~/.bashrc」
*「~」はホームディレクトリの意味
*「./bashrc」
*パスを追加「export PATH=/usr/local/spmodel/bin:/var/lib/gems/1.8/bin:$PATH」
*「export PATH=[付け加えたいパス]:[元々あったパス]:$PATH」
*PATH:コマンドをうったときに, プログラムを探してくれるディレクトリのこと.
*bashrcを読み込んで実行「source ~/.bashrc」
*「spmfrt advdiff1.f90」
*「./a.out」
*実行ファイルを名づけなければ, 勝手にa.outになっている.
*中身を見る.「ncdump advdiff1.nc|less」
*「gpview advdiff1.nc@zeta」
*「gpview advdiff1.nc@zeta --animate t」
*プログラムの中身を見る. 「more advdiff1.f90」
*移流-拡散方程式が書かれていた.
== spmodel サンプルを動かす(11/2)
* arumのホームにあるディレクトりをyasugiにコピー
*「cp -r /home/arum/work .」
*ディレクトリをコピーするときは「-r」をつける
* /work/spml/demoに移動
* プログラム集にあるサンプルを選択
* サンプル1(重力流)
* boussinesq/gravcurrent/f90/gravcurrent1.f90のURLをコピー
*「wget [URL]」
*「spmfrt gravcurrent1.f90」
*「./a.out」
*「ncdump gravcurrent1.nc | less」で中身を見る.
*「gpview gravcurrent1.nc@rho --animate t」
* サンプル2(2次元回転球面上で非発散順圧流体の自由減衰乱流問題)
* baro/free-decay/f90/baro_euler_freedecay.f90
*「vi baro_euler_freedecay.sh」で Omega, nstepなど変更
*「sh baro_euler_freedecay.sh」
*「gpview baro_euler_freedecay.nc@strfunc --animat --wsn 4」
* サンプル3(べナール対流)
* boussinesq/sample-tt/f90/bsncnv-et-tt-1.f90
*「gpview bsncnv_1_et.nc@temp --animate t」
*「gpview bsncnv_1_et.nc@zeta,t=0.025:0.5 --anim t」
*「gpview bsncnv_1_et.nc@psi,t=0.025:0.5 --anim t」
== Emacs
* dennouサーバにログインし, Emacsを起動.
* 「$ emacs -q」
* ファイル名を指定する場合「$ emacs hoge.txt」
* 保存
* C-x s(保存するか聞かれる)
* C-x C-s(そのまま保存)
* 終了
* C-x c
*CDが読み込まれ、インストーラが起動して Press F1 for help, or ENTER to bootと表示されたので、F1を押した。
*HELP INDEX
*画面最下部に以下のように表示されているので
Press F2 through F10 for details, or ENTER to boot:
ENTERを押した。
*Choose language
*「日本語」を選択
*キーボード配置の選択
*「日本(106 キー)」を選択
*ネットワークの設定
*「eth1: Intel Corporation 82541PI Gigabit Ethernet Controller」を選択
*ネットワークの自動設定が失敗するらしいので、「ネットワークを手動で設定」を選択
*IPアドレス
*133.30.109.103
*ネットマスク
*255.255.255.0
*ゲートウェイ
*133.30.109.254
*ネームサーバアドレス
*133.30.109.30
*ホスト名
*joho04
*ドメイン名
*epa.scitec.kobe-u.ac.jp
*ディスクのパーティショニング
*パーティショニングの方法
*「ガイド - ディスク全体を使う」を選択
*パーティショニングするディスクの選択
*SCSI3 (0,0,0) (sda) - 500.1 GB ATA HDS725050KLA360
*パーティショニング機構
*「すべてのファイルを1つのパーティションに」を選択
*「パーティショニングの終了とディスクへの変更の書き込み」を選択
*次の画面で「はい」を選択
*ユーザーとパスワードのセットアップ
*rootのパスワードを設定
*新しいユーザの本名（フルネーム）を入力
*あなたのアカウントのユーザ名とパスワードを設定
*パッケージマネージャの設定
*ネットワークミラーを使う
*Debian アーカイブミラーの国
*「日本」を選択
*Debian アーカイブミラー
*ftp.jp.debian.org
*HTTP プロキシの情報
*空のままにしておく。
*popularity-contestの設定
*Debian パッケージ利用調査に参加
*ソフトウェアの選択
* 「デスクトップ環境」、「標準システム」を選択
*ハードディスクへのGRUBブートローダのインストールする。
*インストールの完了
*インストールメディアが除かれていることを確認
*Failed to start the X server (your graphical interface). It is likely that it is not set up correctly. Would you like to view the X server output to diagnose the problem?
*「Yes」
*X Window System Version 7.1.1 .
Release Date: 12 May 2006 .
中略 .
(==) Log file: "/var/log/Xorg.0.log", Time: Sat Jun 30 02:45:18 2007 .
(==) Using config file: "/etc/X11/xorg.conf" .
(EE) No devices detected. .
Fatal server error: .
no screens found .
*「Ok」
*Would you like to biew the detailed X serber output as well?
*「Yes」
*X Window System Version 7.1.1 .
Release Date: 12 May 2006 .
中略 .
*「Ok」
*The X server is now disabled. Restart GDM when it is configured correctly.
*「Ok」
*login完了
*終了するにはrootでloginしてshutdown -h nowを入力
==IPアドレスの変更
*rootでログインする
*「vi /etc/network/interfaces」を入力し, 編集する
*addressを133.30.109.58に変更
*「x」カーソルの位置の文字を削除
*「i」カーソルの位置の左側に文字を入力
*dns-search ahs.scitec.kobe-u.ac.jpに変更
*「ESC」コマンドモードへ移行
*「:wq」バッファの内容をファイルに保存し, vi を終了する
*less /etc/network/interfacesを入力し, 変更内容を確認
*デバイスの設定を再読み込み
*「ifdown eth1」
*「ifup eth1」
*もう一度確認
*「vi /etc/hosts」を入力し, 編集する
*133.30.109.58とahs.scitec.kobe-u.ac.jpのところを変更
*「:wq」保存
==Xの設定
*「vi /etc/apt/sources.list」
*deb cdrom:の頭に#をつける
*「apt-get install read-edid mdetect」
*「apt-get install x-window-system-core mlterm twm」入力
*Do you want to continue? 「Y」
*「dpkg-reconfigure -pmedium xserver-xorg」を実行すると, 再設定することができる
*Configuring xserver-xorg
*Video card's bus identifier:「OK」
*Use kernel framebuffer device interface?「Yes」
*Autodetect keyboard layout?「Yes」
*XKB rule set to use: 「Ok」
*Keyboard model :jp106
*Attempt monitor autodetection?「Yes」
*Video modes to be used by the X server: 1024*768を選択
*失敗したので確認
*「less /var/log/Xorg.0.log」を入力
*長いので「Shift+>」でいちばん下までいく
*「vi /etc/X11/xorg.conf」を入力し, 編集
*Driver "ati"を"vesa"に変更
*「startx」を入力し, Xを起動
==apt-get入門
*「apt-get」
*見切れたときは, "|"を使ってページャに渡すと読めるようになる.
*「apt-get | less」
*「man apt-get」マニュアルを見る.
*「apt-get update」(入手できるパッケージ一覧の更新)
*「apt-get upgrade」(インストール済のパッケージのアップグレード)
*Do you want to dontinue?[Y/n]
*大文字になっているほう（Y）がデフォルトなので, Enterを押せばYesを選択する.
*…しばし待つ.
*再起動する.
*「shuteown -r now」「reboot」どちらでも再起動する.
*教訓:「manを見る」しかし英語で表示される.
*rootでログインする.
==sudoの設定
*「apt-get install sudo」
*sudo is already the newest version.
*もうsudoはすでに最新版に更新されてインストールされているらしい.
*「apt cache show sudo」
*「apt-cache search firefox」
*表示されたものが長いので「apt-cache search firefox | less」
*「apt cache show mozilla firefox | less」
*「man apt-get」
*最下部のSEE ALSO(＝関連項目)のところにapt-関係のものが書いてある.
*（）の中の数字は, マニュアルのsection番号とそれぞれに含まれるページの種類を示す.
*詳しくは「man man」でマニュアルのマニュアルを見るとよくわかる.
*「dpkg -l | grep sudo」
*「dpkg -l sudo」
*ここからがsudoの設定の本番です. (Debian 徹底入門p.396)
*rootでログイン
*「visudo」
#User privilege specification
root ALL=(ALL) ALL
と出るので
「arum ALL=(ALL) ALL」
を加える.
*「less /etc/sudoers」で確認する.
*「# exit」でログアウト
*arumでログイン
*「apt-get update」をしてもできなかった.
*「sudo -s」
*「apt-get update」アップデートできました.
*joho04~# rootの権限を与えられているとき
*joho04~$
==ユーザーの追加
*rootでログインし、「adduser [ユーザー名]」
*Enter new UNIX password: (パスワード設定)
*Retype new UNIX password: (もう一回入力)
*個人情報を入力
*Full Name []:
*Room Number []:
*Work Phone []:
*Home Phone []:
*Other []:
*Is the information correct?「y」
*visudoで「yasugi ALL=(ALL) ALL」を加える
*「less /etc/sudoers」で確認する
==Ruby
*www.gfd-dennou.org/からGFDnaviに入って参考にしながら進む
*「vi /etc/apt/sources.list」を入力し、以下を追記
*「deb ftp://www.gfd-dennou.org/library/cc-env/Linux/debian-dennou etch/」
*「deb-src ftp://www.gfd-dennou.org/library/cc-env/Linux/debian-dennou etch/」
*「gpg --keyserver subkeys.pgp.net --recv-keys AEE995F4」
*「gpg --armor --export AEE995F4 | apt-key add -」
*「apt-key list」で確認
*「apt-get update」 パッケージリスト完了
*「apt-get install ruby ruby1.8-dev irb rdoc libopenssl-ruby gphys」でインストールを行う
*続行しますか? 「Y」
*RubyGemsのインストール
*「apt-get install rubygems」でパッケージをインストール
*「echo $SHELL」で確認 : /bin/bash
*一時的に設定する
*「export PATH=/var/lib/gems/1.8/bin:$PATH」
*各自ログインし、「vi /.bashrc」を入力・以下を追記
*export PATH=/var/lib/gems/1.8/bin:$PATH
==Railsのインストール
*「gem install rails --include-dependencies」でインストール
*「rails -v」で確認
*MySQL 関連パッケージのインストール
*「apt-get install mysql-server」
*続行しますか?「y」
*MySQL 初期設定
*mysql管理者のパスワードを設定
*「mysql -u root -p」
*mysql> set password for root@localhost=password(`password入力`);
*mysql> select user from mysql.user;
*「mysql_secure_installation」で一つのrootを消す
*Enter current password for root : 「パスワード入力」
*Change the root password? 「n」
*Remove anonymous users? 「Y」
*Disallow root login remotely? 「y」
*Reload test database and access to it?「n」
*Reload privilege tables now? 「y」
==GFDnavi
*Gfdnavi最新版 gfdnavi-0.1.tar.gzをダウンロード
*「mkdir your_work_dir」
*「mv Desktop/gfdnavi-0.1.tar.gz your_work_dir/」
*「cd your_work_dir/」
*「tar zxfv gfdnavi-0.1.tar.gz」で解凍
*「rails gfdnavi-0.1」
*「source .bashrc」で設定を反映させる
*overwrite ...[Ynaqd] :「n」
*「cd gfdnavi-0.1」
*データベース初期化
*「mysql -u root -p」
*Enter password : 入力する
*mysql> create database gfdnavi_development;
*mysql> create database gfdnavi_test;
*mysql> create database gfdnavi_production;
*mysqp> grant all on gfdnavi_development.* to `davis`@`localhost` identified by `hogehero`;
*mysqp> grant all on gfdnavi_test.* to `davis`@`localhost` identified by `hogehero`;
*mysqp> grant all on gfdnavi_production.* to `davis`@`localhost` identified by `hogehero`;
*データベース設定ファイルを編集
*「cp config/database.yml.example config/database.yml」
*「cp config/gfdnavi.yml.example config/gfdnavi.yml」
*「vi conflg/database.yml」で編集
*username: davis
*password: hogehero
*テスト用データベースの作成
*「rake db:migrate」でテーブルを作る
*GFDnaviの起動
*「ruby script/server」
*ブラウザでhttp://localhost:3000/
==10/12
*SPMODELに必要となる資源を準備
*ISPACK
*netcdf-3.6.2.tar.bz2
*gt4f90io
*「mkdir work」
*「cd work/」
*「tar xfz netcdf-3.6.2.tar.bz2」で展開
*「less INSTALL」,「less README」で中身を読む
*「./configure --help |less」で説明を読み,「./configure」を実行する
*「./configure |less」の後,「/ortran」を入力するとortranを検索できる
*「make」
*「make check」
*「sudo make install」
*「cd..」
*「ls -l /usr/local/lib/libnetcdf*」
*「cd install_spmodel」
*「tar xfvz ispack.tar.gz」
*「cd ispack-0.71/」
*「vi mk
*FC = ifortに書き換える
*DIRS = ・・mpiがついてるものを全部消す
*DESTDIR = /usr/local/lib
*「make」
*「sudo make static」
*「ls -l /usr/local/lib/libsip.a」
*「cd fepack/src」
*「cd src」
*「vi fepack.f」
*「143j」で143行下に行く
*DD(I)=RDを上のCALLの位置にそろえる
*「make」
*「sudo make static」
*「cd ../」
*「ls」
*「tar xfz gt4f90io_current.tgz」
*「FC=ifort ; export FC」
*「./configure --with-netcdf=/usr/local/lib/libnetcdf.a」
*「make」
*「make test」
*「sudo make install」
*「ls -l /usr/local/gt4f90io/lib/libgt4f90io.a」
*「cd ..」
*「ls」
*「tar xfz spml.tar.gz」
==spmodelのインストール(10/19)
*SPMODELファイルを落としてきて, ホームディレクトリに移動
*作業ディレクトリを作る. 「mkdir work」
*落としてきたspml.tar.gzを作業ディレクトリに移動「mv spml.tar.gz work」
*ファイルを解凍する. 「tar xfz spml.tar.gz」
*spml ディレクトリに移動 「cd spml」
*configure を実行する.
./configure --with-netcdf=/usr/local/lib/libnetcdf.a \
--with-ispack=/usr/local/ispack/lib/libisp.a \
--with-gt4f90io=/usr/local/gt4f90io/lib/libgt4f90io.a」
*「\」は改行のコマンド
*「make」
*「sudo make install」
*spmlディレクトリ内のdemoというディレクトリに移動する. 「cd ./demo」
*その中の .f90 ファイルを実行してみる.
たとえば, at_diff.f90 というプログラムをコンパイルしてみる. 「make at_diff.out」
*at_diff.out というファイルが出てくるので,それを実行. 「./at_diff.out」
*at_diff.f90の中身を見る. 「less at_diff.f90」
*「sudo apt-get nstall jless」
*「jless at_diff.f90」
*「export LC_ALL=eucJP」
*「jless at_diff.f90」
*「less /etc/locale.gen」
*「more at_diff.f90」
*拡散方程式のファイルらしいことが書かれていた.
*「which gave」
*「sudo apt-get install gave」
*「which gpview」
*「gpview at_diff.nc@zeta」
*謎の絵がでた.
*目盛りが荒いので「vi at_diff.f90」
*integer, parameter :: im=128 .
integer, parameter :: km=64 .
*imとkmの数字を変更した.
*コンパイルする. 「make at_diff.out」
*ファイルを実行「./at_diff.out」
*dennouのSPMODELのページのプログラム集からadvdiffをダウンロードする.
*プログラム集→1 次元周期境界領域モデル : フーリエ展開 .
→advection-diffusion/sample/f90/advdiff1.f90のURLをコピーする.
*「wget [URL]」
*コンパイルを実行「spmfrt advdiff1.f90」
*「spmfrt」
*spmfrtというプログラムはないと言われる.
*spmfrtを検索
*「ls /usr/local/spmodel/bin」
*「vi ~/.bashrc」
*「~」はホームディレクトリの意味
*「./bashrc」
*パスを追加「export PATH=/usr/local/spmodel/bin:/var/lib/gems/1.8/bin:$PATH」
*「export PATH=[付け加えたいパス]:[元々あったパス]:$PATH」
*PATH:コマンドをうったときに, プログラムを探してくれるディレクトリのこと.
*bashrcを読み込んで実行「source ~/.bashrc」
*「spmfrt advdiff1.f90」
*「./a.out」
*実行ファイルを名づけなければ, 勝手にa.outになっている.
*中身を見る.「ncdump advdiff1.nc|less」
*「gpview advdiff1.nc@zeta」
*「gpview advdiff1.nc@zeta --animate t」
*プログラムの中身を見る. 「more advdiff1.f90」
*移流-拡散方程式が書かれていた.
== spmodel サンプルを動かす(11/2)
* arumのホームにあるディレクトりをyasugiにコピー
*「cp -r /home/arum/work .」
*ディレクトリをコピーするときは「-r」をつける
* /work/spml/demoに移動
* プログラム集にあるサンプルを選択
* サンプル1(重力流)
* boussinesq/gravcurrent/f90/gravcurrent1.f90のURLをコピー
*「wget [URL]」
*「spmfrt gravcurrent1.f90」
*「./a.out」
*「ncdump gravcurrent1.nc | less」で中身を見る.
*「gpview gravcurrent1.nc@rho --animate t」
* サンプル2(2次元回転球面上で非発散順圧流体の自由減衰乱流問題)
* baro/free-decay/f90/baro_euler_freedecay.f90
*「vi baro_euler_freedecay.sh」で Omega, nstepなど変更
*「sh baro_euler_freedecay.sh」
*「gpview baro_euler_freedecay.nc@strfunc --animat --wsn 4」
* サンプル3(べナール対流)
* boussinesq/sample-tt/f90/bsncnv-et-tt-1.f90
*「gpview bsncnv_1_et.nc@temp --animate t」
*「gpview bsncnv_1_et.nc@zeta,t=0.025:0.5 --anim t」
*「gpview bsncnv_1_et.nc@psi,t=0.025:0.5 --anim t」
== Emacs
* dennouサーバにログインし, Emacsを起動.
* 「$ emacs -q」
* ファイル名を指定する場合「$ emacs hoge.txt」
* 保存
* C-x s(保存するか聞かれる)
* C-x C-s(そのまま保存)
* 終了
* C-x c