[Exp2008]数値計算ライブラリインストール課題

スケジュール表・各回資料 (06/20)

• 提出期限: 8/8 (金)

レポートの作成方法

• EPA サーバでレポートを公開するには を参照してください. また, 簡単なレポートの書き方指南 も良く読みましょう.
• レポートの HTML ファイルの名前は index.html にしてください. 複数の HTML ファイルを作る場合は, 以下の要件を満たすようにしてください.
  • index.html を表紙, 目次とする
  • どの HTML ファイルも index.html との相互リンクが張ってある
• レポートのテンプレート を置いてあります. 自由に使ってもらってかまいません.
• HTML の書き方については実習の時間内では解説しません. Web や書籍などで書き方を調べてください. 上記のテンプレートを参照するのもよいでしょう. これもレポートの一環としてがんばってください.
• 問題の難易度を高めに設定しています. 作業が行き詰った場合には, メーリングリストに質問する, TA に直接質問するなどしてみてください. その場合にも, 行き詰った状況や, それまでに行った作業を まずは正しく解説することを心がけてください. ただ「分かりません.」, 「できません」, 「どうにかしてください」 では誰も手助けできません. 問題そのものができていなくても, きちんとした解説があるレポートには高い評価を与えます.
  • メーリングリストに質問を投げる場合は, 技術系メーリングリストで質問するときのパターン・ランゲージ (結城浩) などを参考にすると適切な回答を得やすくなります.
• 自力で頑張っても分からない場合は, 他の人が提出したレポート (実習のメーリングリストに投げられたレポート提出報告メールに 書かれている (はずの) URL から見られます) を参考にすると良いでしょう. その場合, 参考にしたレポートを参考資料に挙げるようにしてください. また, 丸写しにするのではなく, 自分なりの改良も加えましょう.

授業時間外のレポート作成について

• 自宅, 学内から EPA サーバ (ika) にログインする場合, [Exp2008]情報実験機に遠隔ログインするためにおよび [TEBIKI]SSHサーバへの公開鍵認証によるログイン を参考にして下さい.
• 基本的に, 研究室にある自分の担当マシンは 24 時間 いつでも許可なく使ってもらってもよいです. 研究室への入室にも許可は不要です.

レポートの提出方法

ファイルを置く

今回のレポートは全て EPA サーバ (ika) の ~/public_html/report02/ 以下に置いてください. 置き場所となるディレクトリは必要に応じて自分で作ってください.

情報実験機で作ったファイルを EPA サーバに転送するには scp というコマンドを使うとよいでしょう. 詳しくは man を見てください.

アップロード確認

ブラウザから全部のファイルにアクセスできるか確認してみましょう. 例えば, EPA サーバ (ika) では, ~/public_html/report02/index.html に対応する URL は

http://epa.scitec.kobe-u.ac.jp/~(自分のアカウント名)/report02/index.html

になります.

提出完了の報告

提出期限までに以下のメールを送ってください. 内容を確認した後, 修正すべき点があればその旨を連絡します. 修正完了後, 再度メールで報告してください. こちらから, レポート提出完了のメールが送られた時点で レポートを提出したことになります.

• メールの内容
  • 件名
    • 「地球および惑星大気科学実習レポート 6/20 出題分 (自分の氏名)」
  • 宛先
    • itpass のメーリングリスト
  • メール本文に必ず記入すること
    • 情報実験機番号
    • 氏名
    • レポートの URL

準備作業は sudo コマンドで root に成り代わって行ってください.

$ sudo -s

APT の設定

今回の課題の準備として, いくつかのソフトウェアを APT コマンドによってインストールします.

まず, apt-key によって鍵を登録してください.

以下のように,

# gpg --keyserver subkeys.pgp.net --recv-keys AEE995F4
# gpg --armor --export AEE995F4 | apt-key add -

として下さい.

次に, /etc/apt/sources.list に 以下の行を追加してください.

deb http://www.gfd-dennou.org/library/cc-env/Linux/debian-dennou etch/
deb-src http://www.gfd-dennou.org/library/cc-env/Linux/debian-dennou etch/

この記述が完了したら, 以下のコマンドで APT のパッケージリストの更新を行います.

# apt-get update

Fortran 90 コンパイラのインストール

G95 Fortran コンパイラを インストールします.

以下のコマンドでインストールしてください.

# apt-get install g95 libc6-dev

これにより, g95 というコマンドで G95 Fortran が使用可能になります. サンプル Fortran 90 ファイル をダウンロードし, 動作チェックしておくと良いでしょう.

$ g95 test.f90          <- test.f90 をコンパイルして a.out ファイル作成
$ ./a.out               <- a.out ファイルを実行

  Hello World!!

可視化ユーティリティ GAVE のインストール

可視化ユーティリティ GAVE は以下のコマンドでインストールできます.

# apt-get install gave

これにより, gave というコマンドで NetCDF 形式のデータの可視化を 行うことが可能になります. サンプル NetCDF ファイル をダウンロードし, 動作チェックしておくと良いでしょう.

$ gave test.nc 

gave の詳しい使い方についての情報は後述します. とりあえず「draw」または「描画」ボタンで何らかの画像が表示されれば OK です.

なお, NetCDF についてはここでは詳しく述べません. 詳しく知りたい場合には netCDFユーザガイド日本語版 などを参照すると良いでしょう.

1. 情報実験機の個々人の領域 (/home/<アカウント名> ディレクトリ以下) へ, 下記のライブラリをインストールしてください.

   • 階層的地球流体スペクトルモデル集 SPMODEL にて提供される「SPMODEL ライブラリ (spml)」
   • SPMODEL ライブラリを動作させるのに必要ないくつかのライブラリ

   ただし, ライブラリのインストールには バイナリパッケージ (Debian パッケージ) は用いず, ソースコードをダウンロードし, make によるコンパイルと インストールを行ってください.

2. 階層的地球流体スペクトルモデル集 SPMODEL の「プログラム集」の中から適当なプログラムを選んでダウンロードし, そのファイルをコンパイルおよび実行してデータファイルを出力してください.
3. 可視化ユーティリティ GAVE を使用し, 階層的地球流体スペクトルモデル集 SPMODELの 「ギャラリー」にあるような図を描いてください. (「同じ図を作れ」というわけではありません. 念のため).
4. このインストールから可視化までの過程についての作業ログを HTML にまとめてください.
   • ライブラリのインストールやコンパイル, および可視化などの作業を 詳細に記述してください.
   • TA が, ではなく, 隣で作業している実習生が, このログを見て 実際に作業を追体験できるようにすることを心がけてください.
   • 分量が多くなる場合には, 別ファイルに記述してそこへ ハイパーリンクをはっても構いません.

レポート内には以下を記述してください.

• 実習者氏名
• 担当情報実験機名 (例: joho01)
• 作業ログ
• 可視化した画像
• 参考資料
  • URL をベタ書きにするのではなく, そのページの作者やタイトルおよび, 何を参考にしたのかも明記してください.
• 共同作業した人の名前
• コメント
  • 本課題を回答するにあたって工夫したこと, 感想など

SPMODEL ライブラリに必要なライブラリ

SPMODEL ライブラリに必要なライブラリは SPMODEL に必要となる資源 に載っています. 繰り返しになりますが, これらについては Debian パッケージ (deb パッケージ) は使用しないで下さい.

ライブラリの構築やインストールの手引の在り処

ライブラリの構築やインストールの手引は, ダウンロードするソースコードに付随しています. ダウンロードした圧縮ファイル (tar.gz など) を展開すると, README や INSTALL などのファイルが見つかるはずです. まずはそのファイルを読み, ライブラリの構築やインストールの方法を 調べてみましょう.

最近はこういった情報が Web ページに載っていることも多いので, そちらの情報を参照しても良いでしょう.

個人領域へライブラリをインストールするには

ライブラリの多くは, そのデフォルトのインストール先を /usr/local/ に指定しますが, 今回の課題では /home/<アカウント名> にインストールを行ってください. 例えば,

$ mkdir ~/lib

のようにホームディレクトリの下にライブラリのインストール先ディレクトリ として lib を作成し, その中へライブラリをインストールすると良いでしょう.

SPMODEL プログラム集の中からプログラムを選ぶ際には

プログラムの中には動作しないものもあるかもしれません. その場合には, 起こったエラーについて HTML 上にまとめると同時に メーリングリストに報告してください.

可能であれば TA 側で修正と対応を行えるかもしれません. ダメな場合には, 他のプログラムに変えてみるなどしてください.

可視化ユーティリティ GAVE の使用方法

GAVE は以下のように起動します.

$ gave <データファイル>

詳しい使い方は GAVE -- a gtk+ based grid data analyser and viewer writen on Ruby -- の「チュートリアル」を参照してください.

• joho01
  • 安 ヒョンソン
  • 石田 拓也
  • 井谷 優花
• joho02
  • 黒田 美紀
  • 合田 真美
  • 佐々木 嗣幸
• joho03
  • 下田 真基子
  • 辻野 智紀
  • 東川 利恵
• joho04
  • 藤木 裕也
  • 山田 登太

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